Nach dem Jurastudium in München, der Tätigkeit als wissenschaftliche Assistentin am dortigen Lehrstuhl für Kriminologie, Jugendrecht und Strafvollzug sowie dem zweiten Juristischen Staatsexamen 1995 arbeitete Stefanie Krüger zunächst in verschiedenen Funktionen im Sozialreferat der Landeshauptstadt München, zuletzt in der Jugendamtsleitung. 2010 übernahm sie die Leitung des Bayerischen Landesjugendamtes im Geschäftsbereich des Bayerischen Sozialministeriums. 2014 wechselte sie schließlich als Geschäftsführendes Präsidialmitglied zum Bayerischen Bezirketag, dem Kommunalen Spitzenverband der sieben bayerischen Bezirke. Die Bezirke sind als dritte kommunale Ebene in Bayern u.a. Träger der Eingliederungshilfe und überörtlichen Sozialhilfe und stellen die psychiatrische Versorgung im Freistaat sicher.